自2021年8月份由公共工程委員會召集的「公共工程生態檢核注意事項」檢討會議，多位NGO即已合力向工程會提出「生態檢核落實與督導情形不佳，爭議不斷」、「生態檢核處理生態課題，但卻多由工程單位承接」的狀況。
依據水利署公開的資料，僅2017-2020縣市政府水環境改善計畫輔導顧問團，以及2018-2020 縣市管河川及區域排水整體改善計畫生態檢核 有公布執行廠商的資訊，到了2021-2022年度生態檢核資訊公開明細，廠商名稱就不見了，意思應該是要請公民自行再去查標案資訊，讓需要為生態檢核負責的廠商可以再隱蔽一點點。
河溪網的夥伴製作了2017-2020這段期間，針對上述兩項政策計畫的得標廠商與經費分布圖，嘗試瞭解廠商爭取標案能力與實際工作品質的關係。不管是哪個廠商，若能將生態檢核做的完整確實，爭取標案也是應得的，但最怕的是廠商爭取生態檢核標案能力，與實際的執行能力、工作品質無法相應，造成衍生爭議。
如何監督廠商做好本份工作，維持基本的專業品質，主管機關應該做好資料開放、資訊透明公開，讓公眾以公開資料的品質，來檢驗廠商的生態檢核專業能力和職業道德。
資料來源： 經濟部107年度生態檢核工作 https://flwe.wra.gov.tw/cp.aspx?n=8821 經濟部108-109年度生態檢核工作 https://flwe.wra.gov.tw/cp.aspx?n=8817 經濟部110-111年度生態檢核工作 https://flwe.wra.gov.tw/cp.aspx?n=23047 「全國水環境改善計畫」(第一期特別預算)-各縣市政府水環境改善輔導顧問團計畫 https://flwe.wra.gov.tw/cl.aspx?n=8150 「全國水環境改善計畫」(第二期特別預算)-各縣市政府水環境改善輔導顧問團計畫 https://flwe.wra.gov.tw/cp.aspx?n=8147
※備註：水環境改善輔導顧問團標案包含生態檢核、民眾參與、計畫輔導、行政幕僚等工作，並不只限於執行生態檢核。